การจัดจำหน่ายธงที่ระลึกวันมหิดล มีขึ้นเป็นครั้งแรกในปี พ.ศ.2503 โดยความริเริ่มจาก ศาสตราจารย์นายแพทย์ กษาน จาติกวณิช ซึ่งเป็นผู้อำนวยการโรงพยาบาลศิริราชในขณะนั้น ในตอนแรกนั้น ที่ระลึกในการรับบริจาคมีลักษณะเป็นริบบิ้น มีตราโรงพยาบาลอยู่ตรงกลาง ต่อมาจึงเริ่มมีการจำหน่ายธงที่ระลึกที่มีสีตรงกับสีของวันมหิดล เป็นครั้งแรกในปี พ.ศ.2510 ธงที่รับบริจาคในตอนนั้น เป็นธงที่ทางโรงพยาบาลว่าจ้างบริษัทภายนอกจัดทำ มีขนาด 10 x 25 cm เป็นธงที่ระลึกมอบให้สำหรับผู้บริจาคเงินตั้งแต่ 10 บาทขึ้นไป

ต่อมา ในปี พ.ศ.2520 ซึ่งเป็นปีที่ธงมีสีม่วง (วันมหิดลตรงกับวันเสาร์) เกิดปัญหาขึ้น เนื่องจากธงที่เหลือมาถึงวันที่ 21 กันยายน มีจำนวนไม่พอที่จะออกรับบริจาคในวันที่ 23 กันยายน และทางบริษัทที่รับจ้างนั้น ก็ไม่สามารถทำเพิ่มให้ได้ ทางกลุ่มอาสามหาวิทยาลัยมหิดล จึงรับอาสาในการช่วยทำธงเพิ่ม ทั้งนี้ ด้วยเหตุที่กลุ่มอาสามหาวิทยาลัยมหิดลเอง ก็มีความสามารถในการทำ silk screen ปฏิทินอยู่แล้ว อีกทั้งยังเคยช่วยกิจกรรมการจำหน่ายธงด้วย (เคยจัดสายออกจำหน่ายธงที่ อ.ศรีราชา จ.ชลบุรี ทุกปี)

ในวันก่อนการรับบริจาคนั้น กลุ่มอาสามหาวิทยาลัยมหิดลสามารถจัดหาวัสดุอุปกรณ์ต่างๆ ในการทำธงได้ครบ โดยที่ block ในการ screen นั้น ถูกทำขึ้นใหม่ภายในเย็นวันนั้น โดย “ศักดิ์” เจ้าหน้าที่เวชนิทัศน์ และนักศึกษาอีก 2 คน ส่วนผ้านั้น ได้เดินออกไปหาซื้อผ้าเช็ดแว่นตาจากร้านขายผ้า นำมา screen ได้เสร็จหมดภายในคืนวันนั้น กรรไกรตัดธงขอยืมกันมา จักรเย็บผ้านำมาจากบ้านและได้จากห้องผ่าตัด (สมัยก่อน ห้องผ่าตัดต้องเย็บผ้าเอง) ก้านธงนำมาจากธงในปีก่อนๆ ที่ทางอาจารย์เก็บไว้ ธงทั้งหมดทำภายในคืนนั้นทั้งคืน โดยมีพยาบาลมาช่วยทำด้วย สามารถทำได้เสร็จทันและมีธงเพียงพอออกจำหน่ายทุกสายในเช้าวันรุ่งขึ้น

ทางคณะกรรมการการออกรับบริจาคจึงเห็นความสามารถ และเปลี่ยนมาว่าจ้างกลุ่มอาสามหาวิทยาลัยมหิดลในการทำธงนับตั้งแต่ปีถัดจากนั้นเป็นต้นมา กลุ่มอาสามหาวิทยาลัยมหิดลจึงเริ่มจัดการหาซื้ออุปกรณ์ในการทำธงเป็นการถาวร ซึ่งได้แก่ จักรเย็บผ้า และกรรไกร รวมไปถึงการสั่งซื้อผ้า และการสั่งทำ block แม่แบบก้านธง และใช้เป็นอุปกรณ์ในการทำธงจนถึงปัจจุบัน